Contrairement aux grands barrages qui favorisent la méthylation du mercure dans les sols inondés sur de longues périodes, les barrages au fil de l’eau sont conçus pour inonder une zone limitée de sols et ne devraient donc pas affecter de manière significative le cycle du mercure (Hg) ou le traitement du carbone. Nous avons étudié les cycles du mercure et du carbone dans les réseaux trophiques de plusieurs secteurs le long de la rivière Saint-Maurice, Québec, Canada, qui diffèrent par la façon dont ils sont influencés par deux barrages au fil de l’eau et d’autres perturbations du bassin versant. Nous avons observé des concentrations maximales de mercure dans les poissons cinq ans après la retenue, mais ces niveaux ont été réduits trois ans après ce pic. Les concentrations de méthylmercure chez les poissons et les invertébrés à faible niveau trophique étaient liées à leur source de carbone (δ13C) plutôt qu’à leurs positions trophiques (δ15N). La bioamplification, mesurée par les pentes de grossissement trophique, a été entraînée principalement par les concentrations de méthylmercure dans les organismes à faible niveau trophique et les facteurs environnementaux liés à la dégradation de la matière organique et à la méthylation du mercure. Les secteurs fluviaux, δ13C et δ15N, ont prédit jusqu’à 80 % de la variabilité des concentrations de méthylmercure dans le réseau trophique. L’installation de barrages au fil de l’eau et des étangs connexes, en association avec d’autres perturbations des bassins versants, a modifié le traitement du carbone, favorisé la méthylation du mercure et son accumulation à la base du réseau trophique, et a entraîné une augmentation temporaire des niveaux de mercure dans les poissons.